La historia de MiSide transcurre en el entorno de un apartamento. Comienza con el jugador interactuando con Mita, un personaje de un juego para móviles que el protagonista (MC) descarga desde su smartphone.[5] Los jugadores resuelven puzles, exploran el apartamento, juegan y descubren secretos ocultos en un entorno tenso y cambiante. Al principio, la aplicación presenta un entorno en 2D, con estilo chibi y vista cenital. Tras avanzar hasta el día 37 dentro del juego, Mita le pide inesperadamente al jugador que se reúnan en persona. Cuando el MC levanta la vista del teléfono, es transportado a una versión 3D del mundo del juego, ahora sentado en un sofá en un apartamento. En este nuevo entorno, el jugador debe adaptarse, completar tareas y jugar con Mita.[6]