Alex Mercer, bekannt unter seinem Blackwatch-Codenamen Zeus, ist der Protagonist von Prototype und der Hauptantagonist von Prototype 2. Er war der ehemalige Leiter der Forschung des Blacklight-Projekts bei Gentek. Nachdem er erfahren hatte, dass die mit dem Projekt verbundenen Personen systematisch ermordet wurden, versuchte Mercer, mit einer Probe seiner Forschung in einem Fläschchen aus der Stadt zu fliehen. In der Pennsylvania Station in die Enge getrieben, zerschmetterte Mercer das Fläschchen und entfesselte das tödliche Virus in der Umgebung. Dies löste einen viralen Ausbruch aus, der schließlich die gesamte Insel Manhattan erfasste.

Nachdem er in einer Gentek-Einrichtung ohne Erinnerung an seine Vergangenheit aufgewacht war, entkam Alex Mercer dem Gebäude und entdeckte bald seine neuen Kräfte und Fähigkeiten, die ihm das von ihm entfesselte Virus verliehen hatte. Er begann, seine Kräfte zu nutzen, um mehr über seine bruchstückhafte Vergangenheit zu erfahren, während er ganz New York nach den Verantwortlichen durchkämmte.