"Ich habe euch warten lassen, was?"

"Auf euch, Nicola und Bart
Ruht für immer hier in unseren Herzen
Der letzte und endgültige Moment gehört euch
Diese Qual ist euer Triumph."

Big Boss, mit echtem Namen John, auch bekannt als Jack, und früher bekannt als Naked Snake, oder einfach Snake, war ein renommierter Spezialkräfte-Agent und Söldner-Kommandant. Er gründete die U.S. Army-Spezialkräfteeinheit FOXHOUND sowie das Söldnerunternehmen Militaires Sans Frontières und war eines der Gründungsmitglieder von den Patriots.

Im Jahr 1975 begibt sich der legendäre Söldner Snake (alias Big Boss) auf eine Mission, um seine ehemaligen Verbündeten Paz Ortega Andrade und Ricardo "Chico" Valenciano Libre aus einer Marinegefängniseinrichtung der USA in Kuba zu befreien. Insbesondere Paz ist Snakes einzige Spur zum Aufenthaltsort von "Cipher", einer amerikanischen Black-Ops-Gruppenote , die ihn während des Peace-Walker-Zwischenfalls ins Visier genommen hatte. Leider wurden beide von Ciphers geheimnisvoller XOF-Einheit gefangen genommen, die die Befragung des Paares abschließt und kurz vor Snakes Ankunft abreist.

Ich habe euch alle warten lassen, was?