Nachdem sie Hongyuan verlassen haben, warten die Sünder in einem LCCB-Transporter auf ein geplantes Treffen mit Saude, Vergilius und Pilot. Als sie sich zu sorgen beginnen, weil Saude untypischerweise zu spät ist, stürmt sie schwer verwundet herein, mit der Nachricht, dass das Hauptquartier der Limbus Company angegriffen wird und sie und die anderen von Mitgliedern von the Thumb überfallen wurden. Während Saude daran arbeitet, ein Portal zum Hauptquartier der Limbus Company zu öffnen, empfangen sie eine Übertragung eines der Angreifer im Hauptquartier, der sich direkt an Ryōshū wendet, sie seine "liebe Tochter" nennt und sie bittet, nach Hause zu kommen. Ryōshū erkennt, dass ihre Stunde gekommen ist, und warnt Dante, dass die "Spinnen" gekommen sind, um ihr Netz zu spinnen. Kurz darauf kehrt Vergilius zurück, in einen Kampf mit zwei Mitgliedern von The Thumb verwickelt, Lucio und Valencina, die in den Transporter stürmen und Charon als Geisel halten.

Während Vergilius, verunsichert und durch die Bedrohung von Charons Leben behindert, sich mit Valencina Klingen liefert, wird die Frau von Ryōshū als "the Thumb Nursefather" identifiziert, eines der Mitglieder der Five Fingers, die sie großgezogen hatten und einer Organisation namens House of Spiders angehörten. Die beiden tauschen einen hitzigen Wortwechsel, in dem Valencina auf Ryōshū herabblickt und ihr sagt, dass sie bald die Firma verlassen und nach Hause zurückkehren wird. Als sich das Portal zum Hauptquartier öffnet, fordert Valencina sie auf, vorauszugehen, da die anderen Nursefathers auf sie warten; während Vergilius mit Valencina zurückbleibt, durchqueren die Sünder das Portal.

Die Sünder finden das Hauptquartier in völligem Chaos vor, mit unzähligen toten Forschern, erstochen mit seltsamen spiralförmigen Waffen. Unter ihnen finden die Sünder Alyssa, die in kritischem Zustand daliegt, aber dennoch sprechen kann. Alyssa erinnert sich an die plötzlichen Umstände des Angriffs und an die Waffe, die sie durchbohrte, und Ryōshū erkennt, dass der einzige Weg, sie zu retten, darin bestünde, die Spirale mit einem Code zu "entsperren", den sie zuvor kannte, sich aber nicht mehr daran erinnern kann. Als Dante einen Blick auf ihre Erinnerungen zu erhaschen beginnt, stellen sie fest, dass diese stark zensiert und zerfetzt sind, und Ryōshū selbst erklärt, dass ihr Gedächtnis in Fetzen liegt. Die Sünder beschließen daraufhin, weiter voranzugehen und später nach Alyssa zurückzukehren.

Nachdem sie sich durch eine Reihe entflohener Abnormalitäten und Ring-Automaten gekämpft haben, stoßen sie schließlich auf Hohenheim, Marton, Moses, Ezra und das neu angeheuerte Aeng-du der LCD, die sich im Sendebereich des Hauptquartiers verbarrikadiert haben. Die beiden Gruppen tauschen Informationen aus, und die Sünder erfahren, dass die LCE ein Experiment mit den geborgenen Goldenen Zweigen durchgeführt hatte, die es gelungen war, miteinander zu verbinden. Es wird deutlich, dass der Angriff mit dem Versuch der House of Spiders begann, den gepfropften Zweig an sich zu bringen.

Gemeinsam vereinbaren sie, dass die Sünder die Goldenen Zweige sichern, die LCD gegen herumstreifende Monster kämpft und die LCE die Stromversorgung der Anlage wiederherstellt. Leider gruppieren die sich verschiebenden Wände des Labors sie in unerwartete Teams: Dante mit Yi Sang, Gregor, Meursault und Ryōshū, dann Moses mit Ezra, Aeng-du, Ishmael, Rodya, Outis und Hong Lu, und schließlich Hohenheim mit Marton, Faust, Heathcliff, Sinclair und Don Quixote. Am Ende beschließt Dantes Team, den Zweigen nachzugehen, während Moses' Team die feindlichen Kräfte ausschaltet und Hohenheim die Stromversorgung wiederherstellt.

Unterdessen beobachtet Dantes Gruppe, wie eine Welle von LCA-Agenten in der Anlage eintrifft, um das Chaos zu beseitigen, nur um von der Nursefather des Index, Rien, abgefangen zu werden, die sie mühelos niederstreckt. Ohne andere Wahl setzt die Gruppe ihren Weg fort zum Raum mit den Goldenen Zweigen, nur um auf die Nursefather des Pinky, den Dihui Star, ihre Schülerin Ren und die Ring-Schülerin Albina... Albina zu treffen. Während Ren und Albina mit den vier Sündern kämpfen, verlässt die Pinky-Nursefather mit den Zweigen den Raum. Während des Kampfes wenden sich die beiden Schülerinnen gegeneinander, was den Sündern die Flucht ermöglicht, und sie jagen der Dihui Star nach. Auf dem Weg nach vorn enthüllt Ryōshū, dass ihre zerfetzten Erinnerungen eine Nebenwirkung des Ziehens ihrer Klinge sind, dass sie eine Tochter hatte, die sie in einem Zeitgewölbe im House of Spiders versteckt zurückgelassen hatte, und dass sie ihren Vertrag mit der LCB unterzeichnet hatte, um zu ihr zurückzukehren und sie zu befreien.

Auf ihrem Weg trifft die Gruppe auf zwei neue Angestellte namens Ravi und Sora, die den Angriff überlebt hatten, aber unter herabgestürztem Schutt eingeschlossen gewesen waren. Sora bietet an, die Gruppe zum Aufzug zu führen, und die beiden schließen sich der Gruppe an. Als sie den Aufzug erreichen und der Pinky-Nursefather gegenüberstehen, offenbart sich Sora als Schülerin der Index-Nursefather und zeigt, dass ihre wahre Loyalität dem House gilt. Sora manifestiert ihr Effloresced E.G.O und greift an, um Dante zu töten, und die vier Sünder der LCB liefern sich einen schweren Kampf mit Sora. Sie werden durch das überraschende Erscheinen von Vespa gerettet, der Sora rasch ausschaltet, bevor er zu seinen anderen Verbündeten aufbricht und die Sünder allein mit dem Dihui Star, Shiomi Yoru, zurücklässt. Um eine Chance gegen die Nursefather zu haben, versucht Dante, eine neue Fähigkeit des Sapling of Light freizuschalten: Sie schaffen es, die Identitäten von Sündern zu beschwören, die nicht anwesend waren, mit der Folge, dass die echten Sünder dort, wo sie standen, das Bewusstsein verlieren und die Mitglieder der LCD und LCE sich allein behaupten müssen.

Unterdessen hat Moses' Gruppe die Überwachungskameras wiederhergestellt: Durch sie sehen sie die Middle-Nursefather Matthias durch die Anlage stürmen, und sie sind überrascht, dass seine Tochter Kira ihren Weg zu ihrem Versteck gefunden hat. Als sich die beiden Middle-Mitglieder wiedervereinen, versucht die Gruppe zu fliehen und befreit verschiedene Abnormalitäten und Verzerrungen, um sie aufzuhalten. Matthias durchschneidet all das, und die Gruppe muss sich schließlich im Kampf ihm stellen. Doch die durch Dantes Fähigkeit Sapling of Light beschworenen Sünder werden plötzlich bewusstlos, sodass Ezra, Moses und Aeng-du ihm allein gegenüberstehen. Matthias überwältigt sie im Kampf, wobei Aeng-du zuerst ihr Schwert und dann beide Arme verliert. Bevor die Begegnung tödlich endet, trifft Vespa zu ihrer Hilfe ein, doch bevor er der Nursefather richtig gegenübertreten kann, erfährt Matthias, dass die anderen Mitglieder des House ihr Ziel erreicht haben, und er und Kira ziehen sich zurück.

Auf der anderen Seite der Anlage kämpfen Hohenheim und Marton gegen Callisto, die Nursefather des Ring. Obwohl die Sünder vereinbart hatten, die Nursefather zu beschäftigen, während sie das Stromnetz der Anlage wiederherstellten, bleiben sie, da die Sünder bewusstlos sind, allein und können ihm im Kampf nicht gewachsen sein. Als die Nursefather näher kommt, geht Marton voraus, um Hohenheim zu schützen, und setzt sein E.G.O-Attunement auf tödliche Stufen, um die Nursefather abzulenken und Hohenheim genug Zeit zu verschaffen, das Stromnetz neu zu starten. Wie Matthias zieht sich Callisto kurz darauf zurück, nachdem sie die Nachricht von der Bergung des Zweigs erhalten hat. Zurück im LCCB-Transporter tun Valencina und Lucio dasselbe.

Inzwischen kommt es an den Aufzügen, wo Dante die übrige LCB herbeigerufen hatte, zur Konfrontation der Sünder mit dem Dihui Star, doch sie werden langsam überwältigt. Während des Kampfes bemerkt Ryōshū, dass sie froh ist, der Nursefather mit ihrem Schwert die Zunge durchtrennt zu haben, da jede Wunde, die mit dieser Klinge geschlagen wurde, in ihrer Gegenwart immer wieder aufbricht; dann ist sie schockiert, als sie feststellt, dass der Dihui Star noch sprechen kann, und enthüllt, dass die Nursefather von Ryōshūs Plan gewusst hatte, ihre Tochter zu retten, der darin bestanden hatte, sie in einem kleinen Tresor einzuschließen, einem irgendwo im House of Spiders versteckten Zeitgewölbe. Nachdem sie die Sünder im Kampf besiegt hat, kontaktiert der Dihui Star die anderen Nursefathers, bevor sie flieht. Die Index-Nursefather schließt sich ihr bald darauf an, holt Sora und gibt Ryōshū den Code für die spiralförmigen Waffen, und lässt den Tresor zurück, in dem Ryōshū ihr Kind versteckt hatte, Araya. Ryōshū reißt den Tresor verzweifelt auf, nur um ihn leer vorzufinden, was sie vor Schock bewusstlos werden lässt.

Einige Zeit später kommen die überlebenden Mitglieder der Limbus Company zusammen, um das House of Spiders zu stürmen und sich durch die Operation Spider Pyre an den Nursefathers zu rächen.

Bei der Operation werden die Sünder in vier Gruppen zu je drei aufgeteilt, unterstützt von weiterem Personal der Limbus Company: Sinclair, Ishmael und Faust, mit Hohenheim und Alyssa, die gegen Ring, die Nursefather Callisto, und ihre Schülerin Albina antreten; Don Quixote, Hong Lu und Yi Sang mit Moses, Ezra und Vespa gegen die Middle-Nursefather Matthias und ihre Schülerin Kira; Gregor, Heathcliff und Rodion mit Vergilius gegen die Thumb-Nursefather Valencina und ihren Schüler Lucio; Ryōshū, Meursault und Outis mit dem LCA Udjat Vanguard Team 1 unter Führung von Jamila gegen die Index- und Pinky-Nursefathers Rien und Shiomi Yoru. Die Gruppen betreten das House of Spiders durch den Hintereingang, wobei jede in dem entsprechenden Korridor des Fingers landet.

Während der Konfrontation mit dem Ring wird die gesamte Gruppe überwältigt, doch als Alyssa und Hohenheim von Callisto beinahe getötet werden, erwacht Sinclairs Zeichen und beschwört eine Version seiner selbst aus einer Zukunft, in der er ein Veteran eines Zweiten Rauchkrieges ist, der zwischen Menschen und Menschen geführt wurde, die "nicht mehr so aussahen", wie etwa Prothesenträger und Verzerrte. Diese Version von Sinclair wendet das Blatt der Schlacht und vernichtet schließlich sowohl Albina als auch Callisto.

Unterdessen erlangt Moses' Gruppe die Oberhand über die Middle. In einem Versuch, Vespa zu töten, benutzt Matthias Kira als Ablenkung und durchtrennt sie, um einen Angriff zu landen, dem Vespa ausweicht. Während Hong Lu Kiras Wunden versorgt und sie vor der tödlichen Verletzung rettet, wird Matthias schließlich besiegt und stirbt durch Vespa und Moses.

Im Kampf gegen die Thumb-Nursefather Valencina und ihren Schüler Lucio wird Gregor von Valencina ins Visier genommen, einer Veteranin des Rauchkrieges, die gegen die Old G Corp. gekämpft hatte. Während der Kampf sich hinzieht, ist Lucio, der in der vorherigen Begegnung mit Vergilius schwere Verletzungen erlitten hatte, nicht mehr in der Lage weiterzukämpfen, woraufhin Valencina ihn mit einer Brutalität verbal angreift, die die Sünder erschüttert. Besonders Gregor wird an ähnliche Worte erinnert, die er von Hermann erhalten hatte, und er wird immer instabiler, bis Lucio einen letzten Angriff gegen ihn versucht. Unter diesem Stress verliert Gregor die Kontrolle über seinen Arm, der sich ausstreckt, Lucio in der Brust durchbohrt, ihm das Herz herausreißt und ihn tötet. Während er in einem Wutanfall von Valencina angegriffen wird, verliert Gregor die Kontrolle über sich selbst weiter und beginnt, sich in eine neue Form zu verwandeln: die vierte entscheidende Waffe der Old G Corp., den Roach Emperor. In dieser Form tötet Gregor Valencina, und schließlich wird er bewusstlos geschlagen und von den anderen dreien in die Normalität zurückgeholt.

Die letzte Gruppe der Sünder wird von ihren Gefährten getrennt: Jamila und die Udjat werden in den Korridor des Index transportiert, wo sie mühelos von Rien ausgelöscht werden, während die Sünder selbst in den Korridor des Pinky gehen, wo sie erneut auf den Dihui Star treffen. Während des Kampfes, als sie und Ryōshū miteinander sprechen, erhascht Dante Blicke auf Ryōshūs Erinnerungen. Während die Sünder der Pinky-Nursefather gegenübertreten, erfahren sie von Ryōshūs Aufwachsen im House of Spiders und dass sie vom Dihui Star geboren worden war, dessen Blut sie zur richtigen Trägerin ihres Schwertes, der Reliquie "Arayashiki", machte; Araya hingegen war von den Thumb als weitere mögliche Kandidatin zum Führen der Reliquie hervorgebracht worden, wurde aber stattdessen von Ryōshū aufgenommen, die sie als normales Kind aufzog. Während einige der Nursefathers dem zunächst widersprachen, fand Rien später Verwendung für Araya, die er als "Fessel" sah, die Ryōshū an das House binden könnte.

In ihrer Jugend, nachdem eine ihrer Tutorinnen, Lei Heng, Ryōshū überzeugt hatte, Arayashiki zu ziehen, erfuhr sie, dass das Schwert die Nebenwirkung hatte, eine ihrer liebsten Erinnerungen abzuschneiden, wann immer es ungezogen geführt wurde, und nach diesem Vorfall musste Ryōshū das Schwert nur noch auf kollektive Zustimmung der Nursefathers ziehen. Nachdem sie Araya adoptiert hatte, erkannte Ryōshū, dass die Pflicht, es auf Verlangen der Nursefather zu führen, bedeutete, dass das Schwert ihre Erinnerungen an ihre Tochter zu stehlen drohte, und beschloss, einen Weg zu finden, sie beide aus dem House of Spiders zu befreien. Schließlich ließ Ryōshū Araya im Tresor verstecken, mit der Absicht, sie sicher aufzubewahren, bis sie stark genug zurückkehren könnte, um das House zu zerstören, und begann, sich auf ihrer Flucht durch die Nursefathers zu schneiden.

Als sie nun der Pinky-Nursefather gegenübersteht, erinnert sich Ryōshū an den Moment, in dem sie Shiomi Yoru vor ihrer Abreise angegriffen hatte, und ihr die Zunge herausschnitt, während Yoru sie daran erinnerte, dass sie dem House of Spiders nie entkommen würde. Als Ryōshū die Pinky-Nursefather niederstreckt und ihr Herz durchbohrt, zeigt sich, dass Ryōshū bei ihrer letzten Begegnung Shiomi Yoru bereits auf dieselbe Weise getötet hatte, die Erinnerung daran aber durch das Schwert verstümmelt worden war, sodass sie es vergessen hatte. Der sterbende Dihui Star enthüllt, dass sie in Wahrheit Araya ist, die den Tresor geöffnet und dabei "zeitlich verschränkt" worden war, ein Ereignis, das sie viele Jahrzehnte im Tresor erleben ließ, wodurch sie alterte und zeitweise zwischen ihrem jungen und alten Selbst "wechselte". Sie wurde von Rien gefunden, der ihr anbot, den freien Platz der Pinky-Nursefather einzunehmen, da die Zusammenarbeit mit dem House es ihr ermöglichen würde, Ryōshū wieder gegenüberzutreten.

Als Ryōshū die Wahrheit erkennt, löst sie ihren Vertrag mit Dante und beginnt, Arayashiki in rücksichtsloser Raserei zu führen. Rien, Sora und Ren erscheinen bald am Ort, und Rien kommentiert erfreut, dass Ryōshū einen Zustand des "Nicht-Selbst" erreicht hat. Als Sora und Ren vorgehen, um Ryōshū im Kampf gegenüberzutreten, löscht Arayashiki sie vollständig aus, bis Rien und die Sünder, mit Ausnahme von Dante, bald ihre Namen vergessen. Während Ryōshū nichts weiter als ein Wirbel aus Hieben wird, mit dem sie versucht, sich aus der Existenz herauszuschneiden, enthüllt Rien, dass dieser gegenwärtige Zustand die wahre Form dessen ist, was das House of Spiders zu erschaffen suchte: eine vollkommene Trägerin von Arayashiki, die zu einer Art menschlichem Konzeptverbrenner wird, in dem jeder seine unerwünschten Geheimnisse abladen und für immer vergessen kann.

Doch Araya, die noch am Leben festhält und nun weiß, dass Ryōshū immer vorgehabt hatte, zu ihr zurückzukehren, bittet Dante um Hilfe, um ihre Mutter zu erreichen: Mithilfe einer neuen Durante-Fähigkeit, Ira, gelingt es Dante, eine neue Kette zu schmieden, die Araya zu Ryōshū bringt und ihre Liebe bekräftigt. Dies stellt Ryōshūs Vertrag wieder her und erschafft eine neue Scheide für Arayashiki aus Arayas eigenem E.G.O, doch der Preis ist, dass Araya selbst weggeschnitten wird. Rien tritt dann als letzter Gegner hervor, um Ryōshū an der Flucht zu hindern, und Dante, der die unvollständige Malkuth und die neue Ira-Fähigkeit einsetzt, ruft alle Sünder herbei, um der letzten Nursefather entgegenzutreten. Mit einem letzten Hieb von Arayashiki trennt sich Ryōshū vom House of Spiders, besiegt Rien, lässt ihn jedoch entkommen.

Am Ende der Operation, mit der jede Bedrohung durch das House vernichtet ist, werden die Goldenen Zweige in Arayas rotem Randoseru gefunden. Zurück im LCCB-Transporter denkt Dante darüber nach, dass Ryōshū alles über Araya vergessen hat, doch Faust erklärt, dass nach dem Prinzip der Verschränkung, solange eine Hälfte einer Verbindung existiert, die andere eines Tages ebenfalls wiederhergestellt werden könnte, und deutet damit an, dass Ryōshū, solange sie ihre Scheide festhält, ihre Tochter eines Tages wiederfinden könnte.

Anderswo in der Stadt trifft ein schwer verletzter Rien auf mehrere Index-Proxys, die ihn wegen seines Versagens, einem Prescript zu gehorchen, verfolgen, und kämpft sie nieder. Als er zu Boden sinkt, erhält er ein Prescript, das ihn auffordert, ein bestimmtes Gedicht zu rezitieren, um den Tod des Schwarzen Schweigens nachzuahmen, doch er verliert sich dabei, und entscheidet, dass es zu anstrengend ist. Stattdessen wünscht er seiner Tochter alles Gute und tötet sich mit der einzigen Waffe, die das Prescript ihm erlaubt, einem Spork.

Anderswo hält Faust ein klassisches Walpurgisnacht-Treffen mit der Gesellschaft ab, um Informationen über das Sicherheitsleck zu erfragen, das dem House of Spiders den Weg ins Hauptquartier der Limbus Company ermöglichte. Nach einiger herabsetzender Bemerkung der anderen Fausts wird enthüllt, dass das Leck und die Sabotage von Dias, dem Chief Executive Director der Firma, stammten. Weiterer Spott offenbart, dass die Sünder-Faust eine frühere Verwalterin der Gesellschaft war und dass sie, obwohl sie bei ihrer Suche nach den Zweigen die erfolgreichste Faust gewesen ist, sie diese sammeln muss, "den Setzling pflanzen und einen Apfel von ihm ernten", um eine Chance auf Wiedereinsetzung zu erhalten.

Unterdessen wird die Neue Liga der Neun Literaten von Nelly über die Operation und den Gegenschlag der Limbus Company gegen das House of Spiders informiert, bevor Hermann Nelly bittet, der Gruppe weiter zu folgen. Die Mitglieder der Neuen Liga bereiten sich dann darauf vor, eine Sitzung zu betreten, in der der Vorstand der N Corp. die Organisation einer Säuberung gegen Prothesenträger besprechen wird, angeführt von Jacob und Heinrich Kromer, den "Ones Who Grip", was der Neuen Liga erlauben wird, ihren Plan zur Vernichtung aller Spiegelwelten fortzusetzen.