Die Rauhhautfledermaus hat im Sommer ein rotes bis kastanienbraunes Fell. Nach der Mauser im Juli oder August bekommt sie ein dunkelbraunes Fell, oft mit grauen Spitzen. Die Unterseite ist hellbraun bis gelbbraun. Schwanz, Ohren und Flügel sind braunschwarz gefärbt. Sie hat kurze, dreieckige Ohren mit abgerundeter Spitze. Die Flügel sind breiter und länger als die der Zwergfledermaus. Die Kopf-Rumpf-Länge beträgt 46 bis 58 Millimeter, die Spannweite 220 bis 250 Millimeter und das Gewicht 6 bis 151⁄2 Gramm.