"Ähm... H-hallo! Ich bin... Dr. Alphys, ich bin Asgores königliche Wissenschaftlerin...!"

Alphys ist ein gelbes, reptilienartiges Monster von ähnlicher Größe wie der Mensch. Ihre Haltung ist etwas gebeugt, was ihr ein nervöses Aussehen verleiht. Sie hat gelbe Schuppen, Krallen und vorstehende Zähne (die je nach Blickrichtung zwischen zwei und vier zu variieren scheinen). Ihre Füße haben drei Zehen, während sich an jeder ihrer Hände drei Finger und ein Daumen befinden. Ihr "Haar" ist in Spitzen geformt, die zum Hinterkopf zeigen. Normalerweise trägt sie eine runde Brille und einen weißen Laborkittel. Ihre Brille verdeckt ihre Wimpern nicht. Bei ihrem Date mit dem Menschen trägt sie jedoch ein gepunktetes Kleid, das ein Freund für sie ausgesucht hat. Alphys ist eine schüchterne Introvertierte, die häufig stottert, wenn sie sich unterhält. Sie hat ein geringes Selbstwertgefühl, macht selbstironische Bemerkungen und spielt ihre Fähigkeiten mitunter herunter. Getreu ihrer Rolle als Wissenschaftlerin ist Alphys intelligent, analytisch und aufmerksam. Gelegentlich stellt sie Theorien zu bestimmten Angelegenheiten auf und kann daraus gründliche Pläne erstellen. Sie kann Erfindungen erschaffen, die Metall und Magie nutzen, wie etwa ein "magisches Speer-Reparaturset". Alphys ist versiert im Programmieren, in der Robotik und im Maschinenbau. Sie ist flink, wenn sie an einem Projekt arbeitet, und drückt sich formell aus, wenn sie ihre Forschung dokumentiert. Alphys ist leidenschaftlich bei ihrer Arbeit und ihren Interessen. Sie wird oft aufgeregt, wenn sie ihre Meinungen teilt. Zu Alphys' Hobbys gehört es, menschliche Animes, Mangas und Videospiele zu genießen. Alphys veröffentlicht gerne Inhalte online und schreibt Komplettlösungen für Spiele, wobei sie Rätsellösungen lieber als letztes Mittel preisgibt, außerdem Shipping und das Schreiben von Fanfiction. Alphys hat außerdem Schwärmereien für mehrere Charaktere männlichen und weiblichen Geschlechts. Manche davon sind mild, wie ihre Schwärmerei für Asgore und ihre Komplimente gegenüber Toriel, während ihre ernsthafteste Schwärmerei Undyne gilt, obwohl es ihr schwerfällt, ihre Gefühle mitzuteilen. Aufgrund von Alphys' gescheiterten Entschlossenheits-Experimenten wurde sie von Schuld und Unsicherheit überwältigt. Das führte dazu, dass sie Dinge aufschob und sich informell ausdrückte. Sozial neigt Alphys dazu, ausweichend und ängstlich zu sein. Alphys legt auch Wert darauf, anderen zu gefallen, und greift auf Lügen oder das Verbergen von Geheimnissen zurück, um sich selbst und andere nicht zu enttäuschen. Doch das Verschweigen der Wahrheit durch Alphys hat dazu geführt, dass sie deprimiert und reumütig wurde.

Alphys war Nachbarin von Bratty und Catty. Sie lud sie oft zur Müllhalde ein, um neue Gegenstände zu finden, wobei sie in erster Linie Animes sammelte. Irgendwann sah Alphys eine Werbeanzeige für den "Menschen-Fanclub" und lernte Mettaton kennen. Um Asgore zu beeindrucken und Mettaton zu helfen, erschuf sie einen Roboterkörper für Mettaton. Mit ihrem Erfolg wurde sie zur königlichen Wissenschaftlerin. Auf Asgores Wunsch begann Alphys mit der Erforschung von SEELEN, um die Barriere zu brechen. Sie hatte überall nach Informationen über Menschen gesucht, auch in Asgores Zuhause. Mithilfe der DT-Extraktionsmaschine extrahierte sie Entschlossenheit aus den versiegelten menschlichen SEELEN und injizierte sie dann in "gefallene" Monster und ein mögliches Gefäß, eine Goldene Blume. Da es scheinbar keine Ergebnisse bei der Gewinnung von Monster-SEELEN gab, benachrichtigte Alphys die Familien der Monster. Die mit Entschlossenheit injizierten Monster wurden jedoch zu Amalgamen, und die Blume verschwand. Aus Angst vor den Reaktionen aller bleibt Alphys im Labor und weicht Nachfragen aus.