Am 16. März 1975, kurz nach den Ereignissen von Ground Zeroes, fiel Venom Snake ins Koma. Als er schließlich fast neun Jahre später, am 26. Februar 1984, wieder erwachte, bemerkte eine Krankenschwester, dass er aufgewacht war, und alarmierte schnell einen Arzt, der Venom Snake über seinen medizinischen Zustand informierte und dem Letzteren später sagte, dass er gehen müsse, da er von feindlichen Kräften gesucht werde.

Venom Snake traf einen mysteriösen Patienten namens Ishmael, der behauptete, ein Bekannter von ihm zu sein, und versuchte, ihm auf die Beine zu helfen. Ishmael injizierte Venom Snake Digoxin, um ihm die Fähigkeit zu geben, seine motorischen Funktionen teilweise wiederzuerlangen. Während seines neunjährigen Komas waren die meisten seiner Muskeln atrophiert, und „Big Boss“ war gezwungen, langsam zu kriechen. Als sie sich dem Aufzug näherten, begegneten sie einem Kind, das eine Gasmaske trug. Das Kind schwebte sofort empor und fuhr durch die Decke, als der Aufzug explodierte und sie gewaltsam zu Boden schleuderte. Ein desorientierter Venom Snake erblickte eine geisterhafte Gestalt aus dem Feuer. Er zog sich schnell mit Ishmael in eine andere Richtung zurück und versuchte, aus dem Krankenhaus zu entkommen, während ein Militärhubschrauber die Umgebung des Gebäudes absuchte. Venom Snake und Ishmael gelang es, einen Krankenwagen zu kapern, doch sie crashten ihn kurz darauf. Als Venom Snake aus dem verunglückten Krankenwagen kroch, kurz nachdem Ishmael aufwachte und Ocelot sah, der ihn dann zu einem Motorrad mit einem neuen Satz Kleidung brachte, wobei Ocelot kurz darauf zum Krankenwagen zurückging, um Venom Snake durch dessen zerbrochenes Vorderfenster zu holen, wurde er erneut von dem Kind mit der Gasmaske konfrontiert, das eine riesige Flamme in Form eines Buckelwals heraufbeschwor, die einen Angriffshubschrauber verschlang, der sich ihnen näherte. Venom Snake gelang es irgendwie zu entkommen und wurde schließlich von Ocelot aufgesammelt und gerettet. Die beiden entkamen dann zu Pferd, während sie von einer feurigen Erscheinung eines auf einem Einhorn reitenden Dämons verfolgt wurden.