Eine Gruppe von Highschool-Schülern gründet eine Bürgerwehr, um die Verbrechen korrupter Erwachsener aufzudecken, findet sich aber bald mitten in einer weltweiten Verschwörung wieder und wird von mächtigen Personen ins Visier genommen, die alles tun würden, um sie zum Schweigen zu bringen.

Letztendlich strebt die Gruppe der Phantomdiebe danach, ihre Alltagswelt so zu verändern, dass sie ihrer Wahrnehmung entspricht, die Sklaverei zu beenden und die Masken zu durchschauen, die die moderne Gesellschaft trägt. Ein bestimmender Aspekt der Serie ist die Verwendung der „Persona“, die physische Manifestationen der Psyche und des Unterbewusstseins einer Person sind und im Kampf eingesetzt werden. Um das Unterbewusstsein der Menschen zu retten, auch bekannt als Metaverse, wird eine App benutzt, um sie in eine andere Dimension zu versetzen. Das Metaverse in Persona 5 ist der Ort, an dem alle Kämpfe stattfinden. Die meisten Menschen in der realen Welt sind sich dieses Reiches nicht bewusst, und diese „Welten“ werden im Spiel als „Paläste“ bezeichnet. Die Paläste dienen alle als physische Darstellungen der unterbewussten Gedanken der Individuen.