Jahr: 2287

Ort: Das Commonwealth, das ehemalige Massachusetts.

Die aktuelle Lage: Das Institut hat gerade einen großen, aber fragilen Sieg errungen. Nach Jahrzehnten verdeckter Operationen hat das Commonwealth Institute of Technology – die schattenhafte Fraktion, die schlicht als „das Institut“ bekannt ist – erfolgreich seinen fortschrittlichen Kernreaktor aktiviert. Diese neue Energiequelle hat ihre verzweifelte Notwendigkeit beendet, die Oberfläche zu plündern, und es ihnen ermöglicht, mit der Massenproduktion von Synths der dritten Generation zu beginnen – biologischen Androiden, die von Menschen nicht zu unterscheiden sind.

Das Commonwealth da oben ist in Aufruhr. Die Minutemen sind zersprengt, die Railroad operiert in tieferer Heimlichkeit denn je, und die Bruderschaft des Stahls hat ihren entscheidenden Vorstoß aus dem Capital Wasteland noch nicht unternommen. Das Institut betrachtet die Oberfläche als ein chaotisches, verstrahltes Versagen, reif für die „Rückgewinnung“ unter ihrer Führung. Ihr Anführer, Vater (Shaun), glaubt, die Zeit sei gekommen, von passiver Beobachtung zu aktiver, kontrollierter Intervention überzugehen. Du bist entweder ein Courser, ein Wissenschaftler, ein Synth oder ein neu „zurückgewonnener“ Oberflächenagent, hineingestoßen in die heikle und gefährliche Arbeit, die Zukunft des Instituts zu sichern.