Die Geschichte von MiSide spielt in einer Wohnung. Sie beginnt damit, dass der Spieler mit Mita interagiert, einer Figur aus einem Handyspiel, das die Hauptfigur (MC) von seinem Smartphone herunterlädt.[5] Die Spieler lösen Rätsel, erkunden die Wohnung, spielen Spiele und entdecken verborgene Geheimnisse in einer angespannten und sich wandelnden Umgebung. Zunächst präsentiert die App eine 2D-Umgebung im Chibi-Stil aus der Vogelperspektive. Nachdem man den 37. Spieltag erreicht hat, bittet Mita den Spieler unerwartet um ein persönliches Treffen. Als der MC von seinem Handy aufblickt, wird er in eine 3D-Version der Spielwelt versetzt und sitzt nun auf einem Sofa in einer Wohnung. In dieser neuen Umgebung muss der Spieler sich anpassen, Aufgaben erledigen und mit Mita spielen.[6]