''Wir schreiben das Jahr 1992 n. Chr. Um der Bedrohung zu begegnen, die Godzilla für das Überleben des Planeten darstellte, rekrutierte Japans Counter G Bureau die brillantesten wissenschaftlichen Köpfe der Welt, um eine Kampfmaschine zu bauen. Die erste Maschine hieß "Garuda". Doch ihre Kampffähigkeiten waren begrenzt. Man brauchte eine weitaus mächtigere Maschine. Sie bargen einen Roboter aus der Zukunft, Mecha-King Ghidorah, um seine fortschrittliche Technologie zu studieren. Sie wandten die Technologie zahlreicher Antipersonenwaffen an und erschufen die mächtigste Maschine, um Godzilla anzugreifen, genannt Mechagodzilla.''

— Eröffnungsnarration (Godzilla vs. Mechagodzilla II)

Wie ihr Showa-Gegenstück wurde diese Version von Mechagodzilla eigens konstruiert, um Godzilla zu vernichten; diesmal jedoch wurde sie von der militärischen Organisation G-Force gebaut, um Japan vor dem Monster zu verteidigen. Mechagodzilla wurde unter Verwendung der aus Mecha-King Ghidorahs Wrack geborgenen Technologie konstruiert und in die Schlacht gegen Godzilla geschickt, als dieser in Japan an Land ging, um BabyGodzilla zu suchen. Mechagodzilla konnte Godzilla nicht aufhalten und wurde in der Schlacht schwer beschädigt.

(Diese Version kann sich noch nicht in Super Mechagodzilla verwandeln, also sei dir dessen bewusst)