Classroom of the Elite ist ein Psychothriller, der am Tokyo Advanced Development College spielt, einer staatlichen Schule, die von der Außenwelt abgeschottet ist, um die zukünftige Führung des Landes auszubilden. Die Schüler werden in Klasse A (Elite) und Klasse D (Ausgestoßene) eingeteilt, und das monatliche Budget jeder Klasse hängt vom kollektiven Verhalten und den Noten ab. Nur die Klasse, die bis zum Abschluss die Spitze erreicht, hat einen garantierten Platz an einem Wunschcollege oder in einem Wunschberuf. Die Handlung untersucht menschliche Ungleichheit anhand von Sonderprüfungen, die wie eine Schachpartie funktionieren, bei der körperliche Stärke durch Erpressung, Regelmanipulation und Spionage ersetzt wird, wodurch instabile Allianzen und Verrat erzwungen werden, um eine Expulsion zu vermeiden.