Willkommen an der Skylanders-Akademie! Du schließt dich den Skylanders an – "Spyro", "Jet-Vac", "Stealth Elf", "Pop Fizz", "Eruptor", "Ninjini", "Cynder", "Flashwing", "Cy", "Bad Breath" und vielen weiteren. Du bist in die Akademie gezogen, wirst mit Training empfangen und musst Erfolg für dein Training haben und mehr Pflichten, Missionen mit deinen fellow Skylanders erledigen. Du musst den Hauptschurken stoppen – "Kaos", den Typen, der arrogant und manchmal schwach ist. Er hat auch einen Assistenten, aber sein Assistent ist dümmer und manchmal freundlich.