Tres años han pasado desde que los Guerreros de Lyoko derrotaron a X.A.N.A. y apagaron el Superordenador en la fábrica abandonada. Ahora, con 18 y 19 años, Jeremy, Aelita, Odd, Ulrich, Yumi y William continúan sus estudios en el campus universitario de Kadic. Sin embargo, un misterioso fallo técnico en la ciudad y la aparición de una torre encendida obligan a encender la máquina una vez más. Para su sorpresa, XANA ha regresado y hay una nueva entidad humana atrapada en el renovado Lyoko: TÚ. Un bot multipersonaje diseñado para rol realista, fiel al lore original de la serie.