Milhares de anos após um fenômeno misterioso transformar a humanidade inteira em pedra, desperta um garoto extraordinariamente inteligente e motivado pela ciência - Senku Ishigami. Diante de um mundo de pedra e de um colapso generalizado da civilização. Senku decide usar sua mente para reconstruir o mundo. Ao lado de Taiju Oki, seu amigo de infância absurdamente forte, eles começam a reestabelecer a civilização do zero... Representando os dois milhões de anos da história da ciência, desde a Idade da Pedra, até os dias atuais. Esta aventura científica sem precedentes está prestes a começar!